Ocho playas de Jalisco figuran en las listas de alerta sanitaria de la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (Semarnat). Sin embargo, cuatro de éstas están catalogadas como de riesgo sanitario para los bañistas, y son Puerto Vallarta, Mismaloya, Bahía de Banderas y Playa del Cuale.
En sus aguas detectaron bacterias como los enterococos, que pueden llegar a causar infecciones gastrointestinales o respiratorias.
El Sistema de Monitoreo de Calidad del Agua en Playas Prioritarias (SisPlayas) reportó la calidad bacteriológica del agua de mar de 28 playas, en los estados de Jalisco, Nayarit, Guerrero y Veracruz, por lo que emitió recomendaciones para los vacacionistas.
En las playas jaliscienses de Boca de Tomatlán y Los Muertos, la calidad del agua es inadecuada, es decir, cerca del riesgo sanitario; mientras que en Las Ánimas, Quimixto y Yelapa es sustentable, lo que significa que las aguas marinas tienen la capacidad de autodepurarse.
De acuerdo con el monitoreo del SisPlayas, en Nayarit los balnearios de Bucerías, La Cruz de Huanacaxtle y Rincón de Guayabitos 1 y 2 tienen calidad del agua del mar de riesgo sanitario, en tanto que en Sayulita el nivel es inadecuado. En Guerrero hay seis playas con riesgo sanitario en Acapulco y en Ixtapa, mientras que en Veracruz son 10 en la zona de Veracruz-Boca del Río.