Cuenta Fray Antonio Tello en su Crónica Miscelánea de la Nueva Galicia, escrita en 1653, que cuando llegaron los españoles a estas tierras, fueron recibidos por un ejército de indígenas dispuestos a guerrearlos, la característica que más llamó la atención fue que los indígenas portaban unas banderas, pero que fue una luz que brillaba en el estandarte de la virgen de Guadalupe, la que maravilló a los guerreros que terminaron por rendirse.
En realidad los Indios Banderas no se rindieron, en cambio se resistieron al invasor español hasta el año de 1543, cuando ocurrió el último alzamiento que fue comandado por un indígena del área de San Sebastián del Oeste contra el conquistador Vázquez de Coronado.
Había 40 cacicazgos asentados en la Bahía de Banderas, comenta el Cronista e Historiador Eduardo Gómez Encarnación, cada una con su cultura y lenguaje propios, aunque tenían una lengua común con la que comerciaban entre ellos, los asentamientos indígenas se componían de unidades familiares económicamente autosuficientes, por lo que cada pueblo abarcaba hasta 20 hectáreas, tenía un centro ceremonial a partir del cual se distribuían las casas. Este tipo de asentamientos no convenían a la Corona Española tanto porque dispersos los indígenas eran más difíciles de controlar, como porque teniendo áreas de cultivo se rehusaban a trabajar en las tierras de la encomienda española.
En 1551 el rey de España Carlos V dictó en las Leyes de Indias que los pueblos indígenas se reubicasen en un solo conjunto urbano como las ciudades españolas. Fueron Fray Francisco Lorenzo y Miguel de Estibales los fundadores del seminario de Aztatlán quienes definieron los nuevos pueblos juntando las 40 comarcas en 7 pueblos, a los que les pusieron nombres de santos, entre los más destacados: Santiago Temichoque que hoy se llama Valle de Banderas, San Juan Atotonilco que quiere decir lugar donde brota agua caliente y San José Papachulla, que hace referencia al lugar desde donde se observa, es decir, un observatorio.
Santiago Temichoque o Valle Viejo originalmente se fundó más hacia la montaña, en la salida del arroyo Popotán, en el año de 1554. Permaneció ahí hasta 1778, mientras los demás pueblos desaparecían y volvían a aparecer, este fue el pueblo más grande, aquí estaban las autoridades civiles y militares, tuvo panteón e iglesia allá arriba, este pueblo tuvo la necesidad de trabajar sus tierras y las defendió.
En 1778 una grave sequía afectó región el occidente de México, de Guadalajara mandaron a San Pedro Lagunillas a que llevaran el maíz de humedad para ser cultivado en la costa, porque en el altiplano no había agua, pero los pueblos no tenían maíz más que para alimentar a la población. En los manantiales de Santiago Temichoque no había una gota de agua, los vecinos y el párroco solicitaron trasladar el pueblo a otro lugar en la rivera del rio, en donde ahora está San José del Valle que era la hacienda de Papachulla, pero encontraron agua en unos pocitos que están en el actual pueblo de Valle de Banderas, donde a la fecha brota el agua a flor de tierra. El arroyo que cruza para San Juan sale de ahí. Así que pidieron el traslado a esa zona y la iglesia la ubicaron en una parte plana hacia lo alto de donde están los pocitos.
A Santiago Temichoque la gente le decía Santiago de Valle de Banderas, con el tiempo quedó nada más Valle de Banderas, pero no hay ningún documento oficial por el cual le hubieran cambiado de nombre, fue por costumbre. Desde 1778 ahí quedaron las autoridades civiles y eclesiásticas, antes de que se fundara Vallarta como Las Peñitas en 1851, Valle de Banderas ya tenía panteón. Hasta 1861 fue que Guadalupe Sánchez y Bartolo Tovar se asentaron en lo que llamaron Puerto Las Peñas, que tuvo un auge importante por el embarque de sal y porque la empresa Unión del Cuale explotaba plata de las montañas hacia 1870.
En la Bahía también había otros puertos como el de Bucerías, el de la Boca de Tomates y la ensenada de la Cruz de Huanacaxtle.
Cuando murió la madre de Guadalupe Sánchez en 1880, la trajeron en canoa y la sepultaron en el panteón de Valle de Banderas porque allá no había campo santo ni iglesia.
A la fecha en Santa Cruz de Quelitán brota un manantial de agua, los dueños del Colesio se quisieron llevar la sede parroquial de Valle de Banderas para allá. En 1856 el gobierno eclesiástico estuvo de acuerdo en contra de la comunidad indígena de Valle de Banderas. Se puso la primera piedra de la nueva iglesia pero la gente de todas las rancherías incluyendo El Pitillal y Las Peñas decidieron que siguiera siendo en Valle sede parroquial, de manera que en 1881, desistieron de llevarse la iglesia.
Valle de Banderas ha permanecido desde entonces en el lugar donde se refundó, con otros pueblos no menos importantes como San José Papachulla que hoy es San José del Valle, San Juan Atotonilco hoy San Juan de Abajo, El Colomo, Sayulita, Santa Cruz y Aguamilpa, los vida para esos pueblos fue más difícil, mientras que Valle de Banderas permaneció a través de los siglos, ese es su valor histórico. Hoy el pueblo sigue el trazo colonial con su plaza al centro y las casas más antiguas alrededor que recuerdan los viejos tiempos del pasado novo hispano, comenta Eduardo Gómez Encarnación.
De los Indios Bandera se decía que antes de la llegada de los Españoles había una gran ciudad hacia la montaña, pero nadie sabía dónde estaba, hasta una mañana de otoño, que un campesino que labraba la tierra halló unas figurillas, sin haber que había encontrado una gran ciudad indígena construida en la espesura del cerro de Vallejo, la ciudad que llevaba por nombre Xiutla.